La cuenca se divide en dieciocho Juntas de Explotación distribuidas según el mapa adjunto. En cada Junta están representados los distintos usuarios del agua: regantes, abastecimientos, hidroeléctricos, etc y se encargan de proponer al Pleno de la Comisión de Desembalse, la programación semestral para la gestión de los embalses que están situados en su ámbito territorial.